Respuesta simple: Si se elimina, el sistema EGR también se desactivará. Una forma fácil de verificar esto es desenchufar la válvula EGR y ver si el camión muestra códigos EGR. No conozco ninguna afinación de eliminación que deje la válvula EGR en funcionamiento, es una especie de trato de todo o nada. Me saltaría el MM en este punto, están desactualizados y lo más probable es que obtuvieras uno de los clones knock-off, ya que H&S ha estado fuera del negocio desde 2014.
Lo primero que haría es conseguir algunas placas de bloqueo EGR, lo último que quieres es que uno de los enfriadores comience a tener fugas. También es mejor dejar el enfriador inferior en su lugar después de instalar los bloqueos para soportar la tubería transversal.
En cuanto a la afinación, en estos días son casi todos los sintonizadores ez lync y SCT. Es solo encontrar afinaciones personalizadas lo que es difícil, y dependerá de ti superar ese obstáculo.